ご質問ありがとうございます。
まず、法令の目的は、１条だけではなく、問題となっている条項の目的を審査することになります。
次に、薬事法違憲判決は、①立法過程の議論と②法令の文言を考慮していますから、当事者の主張レベルでは、立法過程の目的を考慮すべきとの主張はあり得るところです。
②法令の文言から手掛かりがないものを後付けで主張できるのは不当というのが、私の私見ですが、これが唯一絶対の正解とは限りません。