ご質問を有難うございます。以下、回答致します。

ご質問は「行使差額1,000万円を行使時に課税すべきか」ですが、参考答案例は適格ストックオプション（行使時点の未実現益に給与課税をかけず、売却時にまとめて課税する）を前提にしているため、行使時の課税はゼロという整理になっています。
適格SO前提とし、行使差額1,000万円は未実現利益として留保され、譲渡時に整合的に課税されるのでその理解で解答例を作成しました。

宜しくお願い致します。