この度はご質問をいただきありがとうございます。

　これは、罪責の成否自体と罪数論を分けるという発想で整理するのが一手です。

　まず行為１～３は、各行為間にＡの言動や甲の逆上・殺意の発生という事実自体が介在しているので、一旦事実自体は分けて考えます。そのため、行為１～３については、事実自体は介在事情によって大なり小なり分かれているので、それぞれに暴行・傷害・殺人罪を成立させます。
　ここでは、事実自体を切り分けて検討し、それぞれの罪責を成立させているのみです。

　そのうえで行為１～３について、罪数論を用いて、複数の罪責が成立している場合にどのような種類・範囲の刑罰を科すかを考えます。ここでは、事実自体にそれぞれの罪責を成立させた後に、それぞれの罪責をどのように数えて評価するとよいかという話であり、事実自体というよりも事実に対する罪責の数え方・評価の話になります。
　そうすると、行為１～３を切り分けて成立させた暴行・傷害・殺人罪は、形式的には３つの罪責になっています。この場合に、これらをどのように数えて評価するとよいかというと、これらはＡを時間的場所的に接着した行為となっており、上記３罪は一連一体の関係になっているといえるので、最も重い殺人罪に残り２罪を吸収して評価し、殺人罪だけで最終的に処理するのが適切となります。

　このように、まずは事実自体に罪責をそれぞれ成立させ、成立したそれぞれの罪責をどのように数えて評価すればよいかというのが罪数論であり、罪責の成否自体と、成立した複数の罪責の数え方・評価の話であると分けて考えれば大丈夫です。