ご質問ありがとうございます。

　自己物の時効取得は、「所有権に基づいて不動産を永く占有する者であっても、その登記を経由していない等のために所有権の立証が困難であったり、または所有権の取得を第三者に対抗することができない等」の場合において使われるロジックです（『新ハイブリッド民法１ 民法総則』301頁）。

　客観的に見れば所有権を売買契約などで取得しているものの、契約書が無かったり売主とトラブルになったりして所有権があることを立証又は対抗できないというケースでは、永く占有しているという状態を使って時効取得を述べることで、自身の所有権を改めて主張するのです。
　いうなれば、自身の所有権の立証や対抗が困難である場合には、その自己物をずっと占有しているという事実状態を使うことで、自身に所有権があるということをあらためて証明するために自己物の時効取得というロジックを使うのです。