ご質問をいただきありがとうございます。
以下、講師からの回答をお伝えします。
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まず、手続的違法の場合は、そもそも手続違反があるか→その違反が取消事由となるかの2段階で考えるのが一般的です。
これに対し実体法上の違反事由である行政裁量の場合は、他事考慮・考慮不尽で判断過程を審査する場合には２段階になると考えられます。つまり、そもそも他事考慮・考慮不尽があるか→その他事考慮や考慮不尽が判断を左右するほどのものだったのかという流れになります。
両者は似通ったプロセスと考えられ、そもそもの火種があるか→それが取消事由になるかという流れではおおむね共通していると思料します。
両者の違いとしては、手続的違法の場合は守るべき手続の流れという外側を見るのに対し、実体法上の違反事由である行政裁量からの判断過程審査の場合には、行政の思考過程そのものといった中身を見ているという違いがあると考えられます。