ご質問をいただきありがとうございます。
以下、講師からの回答をお伝えします。
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ご質問に関して、解答例にある「3月31日を経過している」は文字通り、「その日付を経過している」と言う意味です。つまり「4月1日以降であること」が大前提になります。
消滅時効の起算点は、日付で確定できる場合は、その「日付の経過後」になるので、要件事実的には「○日を経過している」と言う記載の仕方になります。解答例はそういう趣旨で書かれています。
「31日を過ぎてから5年が経過しているので」等と言うべきところでしたが、誤解を招く言い方になっていましたら混乱を招いてしまい大変申し訳ございません。