「やや危うい」と考えるのならば、質問者としては、ご質問のとおり解答するより他ないのではないでしょうか。
そもそも行政指導事例において、かかる規範のみが網羅的に妥当するとは思われず、論証集のとおり処理するとしても、それは当該事例が最高裁の規範が適用できる前提が必要だと思われます。そのため、質問者のいう2段階判断をするかどうかは別としても、その前提があるかどうかは真摯に検討せねばなりません。そして、論証集の規範が用いることができないならば、当初の大枠にしたがって判断をすべきです。つまり、論証集の規範を用いるかどうかは事案次第であり、その意味で、本質問の回答としては、質問者が危ういと考える事案であれば、その考えを明示した上で、カルテル事件の最高裁とは異なる枠組み用いる他ないというものになります。
とてもいい質問だと思いました。回答が遅れてしまいました。申し訳がありません。
2019年6月6日